Styret er Fontenehusets øverste styrende organ og er underlagt lov om styrearbeid, avhengig av om Fontenehuset er en ideell stiftelse eller AS med ideelt formål.

Styret skal arbeide til det beste for Fontenehuset. Det bør legges vekt på å balansere mellom ulike interessenter som daglig leder, ansatte, medlemmer, avtaleparter og øvrige interessenter. Styrets arbeidsområder er knyttet til kontrollfunksjoner for å sikre trygg drift, forsvarlige økonomi og måloppnåelse, men også personalansvar for daglig leder og å bidra med sin kompetanse og nettverk for å utvikle fontenehuset.